Yuto Nagatomo est un arrière latéral, capable d’évoluer aussi bien sur le flanc droit que sur le flanc gauche. Les qualités principales de Nagatomo sont sa vitesse et sa conduite de balle, ce qui lui permet d’apporter souvent le danger mais aussi d’évoluer plus haut sur le terrain.

Yuto Nagatomo devient professionnel en 2007 suite à deux bonnes saisons dans le championnat universitaire japonnais, il rejoint le FC Tokyo. Après une première belle année, il est sélectionné pour les Jeux Olympiques de Pékin au terme desquels ils gagnera sa place en équipe première du Japon avec qui il dispute la Coupe du Monde 2010. Le promu Cesena repère le talent japonais et le fait venir en Italie sous la forme d’un prêt, après quelques mois il est une des révélations du championnat. Sa carrière prend une autre dimension en janvier 2011, il est élu meilleur arrière gauche de la coupe d’Asie qu’il remporte avec le Japon. Cesena décide alors de lever son option d’achat et le prête immédiatement à l’Inter Milan, après quelques mois où il fait bonne impression, les nerazzurri lèvent également leur option d’achat. Nagatomo confirme l’année suivante et devient un des meilleurs à son poste en Serie A, portant de temps en temps le brassard.