Joao Pedro est un milieu offensif droit,très rapide et physique, qui peut également évoluer sur le flanc gauche ou en soutien d’un attaquant. Il est formé dans le club brésilien de l’Atletico Mineiro. En 2010, il fait ses débuts en équipe première. En fin de saison, il signe à Palermo, signant un contrat de 5 ans. Baladé entre l’équipe une et la Primavera, il est prêté en janvier 2011 au Vitoria Guimaraes. Pour des problèmes de discipline, il est renvoyé en Sicile avant la fin de son prêt. Dans la foulée il part de nouveau en prêt au Penarol. La saison suivante, les deux parties acceptent la rescision du contrat du brésilien, qui rebondit dans son pays natal au Deportivo Brasil. Il est immédiatement prêté à Santos. En 2013, toujours sous la forme du prêt, Joao Pedro passe à l’Estoril Praia au Portugal, qui le rachète en fin d’exercice avant de le transférer à Cagliari en échange de l’uruguayen Matias Cabrera. Il fait ainsi son retour en Italie après l’expérience sicilienne, sous les ordres de Zeman dans le nouveau projet rossoblu.